平阳县疾病预防控制中心是承担政府疾病预防控制职能的公共卫生机构，担负着全县疾病预防与控制、应急预警与处置、疫情收集与报告、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务、检测检验与评价等任务。负责全县传染病流行、食物中毒和污染等公共卫生突发事件调查与处置，以及救灾防病等重大问题的流行病学调查、现场处置和健康相关产品的卫生质量监测检验、评价及出证工作。

平阳县疾病预防控制中心现有工作人员73人，其中正式编制61人，外聘人员12人，各类专业技术人员61人，具有高级职称5人，中级以上技术职称27人，大专以上学历51人，中心设有14个科室，即：行政办公室、技术质量管理科、后勤管理科、财务管理科、传染病防治科、免疫规划科、艾滋病性病防治科、慢性病防制科、结核病防治科、卫生监测科、健康教育与促进科、检验一科、检验二科、健康检测咨询科。